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O MHNC-UP está organizado de acordo com uma estrutura bipolar, abrangendo um polo central localizado nas instalações do Edifício Histórico da Rectoria da U.Porto, e outro, que inclui a Sala da Biodiversidade e o Jardim Botânico do Porto.

El Polo Núcleo del Museo, que alberga sus colecciones históricas de geología, paleontología, zoología, arqueología y etnografía, botánica (incluyendo el Herbario PO de la U.Porto) y ciencias, está siendo objeto de una profunda remodelación, acogiendo, desde 2019 y mientras se desarrolla este proceso, exposiciones temporales. A su vez, tanto el Aula de Biodiversidad - Centro Ciência Viva, como el Jardín Botánico de Oporto están completamente abiertos al público.

El proyecto de conceptualización y reestructuración del MHNC-UP, desarrollado en estrecha colaboración con la Agencia Ciência Viva, es el primero en Portugal que prevé y surge como resultado del diálogo entre un Museo y un Centro de Ciência Viva (CCV). En pleno siglo XXI, este proyecto ofrecerá a la sociedad un museo universitario con décadas de historia que renace como un híbrido entre un museo moderno y un CCV, con objetivos claros en lo que se refiere a tres líneas fundamentales de actuación: difusión, comunicación y divulgación, conservación e investigación.
En el nuevo MHNC-UP, concebido según una filosofía innovadora basada en los presupuestos de una museología total, contaremos historias de vida, destacando objetos y fenómenos extraordinarios, así como personajes destacados de la historia del Museo y sus trayectorias. Todo ello, aprovechando las soluciones museográficas y tecnológicas más avanzadas.

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